
На початку XVII століття в українському культурному просторі тривала релігійна полеміка католиків, уніатів і православних. Православні інтелектуали намагалися зміцнити свої позиції через конкурентоспроможну освіту, аби зупинити відтік вірян через єзуїтські колегіуми. Тож 1631 року архімандрит Києво-Печерського монастиря Петро Могила заснував Лаврську школу, орієнтуючись на західні освітні програми.
Тим часом братчики Київського Богоявленського братства на Подолі занепокоїлися, що нова школа стане конкурувати з Братською школою, утримуваною їхнім коштом із 1615 року. Занепокоєння викликала і латинська мова викладання та проєвропейська орієнтованість освітнього закладу Петра Могили. Сильвестр Косів, один з учителів Лаврської школи, свідчить у своєму трактаті «Екзегезис», що були часи, коли викладачі, сповідавшись, чекали, що ними почнуть начиняти шлунки дніпровських осетрів або ж одного вогнем, другого мечем відправлять на той світ.
Нарешті 30 грудня 1631 року київські братчики підписали акт примирення з Петром Могилою. За умовами угоди, архімандрит Києво-Печерського монастиря як старший братчик ставав покровителем і захисником Братської школи. Усі доходи школи мали йти на її потреби; усі вчителі школи підкорялися вселенському патріарху, а фундуш братства, отриманий від патріарха, зберігав Петро Могила. Його було призначено патроном братства і школи особисто й пожиттєво, а не за посадою архімандрита Києво-Печерського монастиря. Отож, аби уникнути конфлікту, Петро Могила домовився про злиття шкіл, а на додачу домігся покровительства над навчальним закладом козаків, що досі виступали проти вивчення польської і латини в Лаврській школі, однак тепер узяли новостворений заклад під свій протекторат.
Не лише козакам і братчикам спершу не припало до смаку викладання латини в православному закладі. Єзуїти також не хотіли позбуватися монопольного права на надання якісних освітніх послуг у Києві, тож домоглися від короля Владислава IV заборонного декрету на викладання латини в Могилянській школі 1634 року. Наступного року король таки підтвердив правовий статус школи, але не академії — було заборонено викладати дисципліни, вищі за діалектику й логіку. Урешті-решт колегія отримала королівський дозвіл на викладання семи вільних наук латиною, а 1659 року стала повноцінною академією.
Викладач поетики Софроній Почаський у панегірику «Евхаристиріон» 1632 року виголосив вдячність Петрові Могилі за його освітню діяльність. Панегірик дає уявлення про науки, які викладали: граматика «учить слів і мови», риторика, відповідно, «слів та вимові», діалектика — «розумному в речах пізнавання», арифметика — лічбі, геометрія — «розрізненню землі», музика — «учить співам», астрономія — рухів небесних, теологія — «божих речей».